Isídio é o pai de João Gomes Malta de Sá (casado com Sebastiana Rodrigues Lins de Albuquerque e em segundas núpcias com Manoela Rodrigues Lins de Albuquerque), Benedito Malta de Sá (casado com Conceição Rodrigues Lins de Albuquerque), Sinhazinha Malta de Sá (casada com Francisco Rodrigues Lins de Albuquerque), Pedro Malta de Sá.
